More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3977 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 315 aa  656    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  31.73 
 
 		 312 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.96 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 332 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 294 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.5 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  35.34 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 292 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 290 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  31.82 
 
 		 334 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  29.58 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.84 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  32.17 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>