More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3188 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  587  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  33.57 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  34.52 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  152  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 288 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 349 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 349 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  33.33 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  32.97 
 
 		 328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.62 
 
 		 302 aa  118  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  29.41 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0043  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.71 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0031  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  31.27 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 287 aa  106  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1705  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>