More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3308 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  100 
 
 		 294 aa  583  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  78.57 
 
 		 293 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  78.23 
 
 		 293 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 294 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  54.45 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 304 aa  251  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  45.79 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 290 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 349 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 349 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.55 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 307 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  36.33 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 328 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 284 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  32.03 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 287 aa  118  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  32.65 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  34.04 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 293 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 294 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 301 aa  108  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  27.92 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0572  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 289 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.56 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>