More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4156 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  587  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0572  LysR family transcriptional regulator  97.24 
 
 		 314 aa  553  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  34.62 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.18 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.67 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.88 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 317 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  30.99 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.94 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  28.62 
 
 		 312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  30.34 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  30.8 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 313 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  31.47 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 313 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 316 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>