More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2725 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 286 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 283 aa  285  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.3 
 
 		 295 aa  279  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  51.34 
 
 		 334 aa  278  9e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  47.87 
 
 		 288 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 283 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.35 
 
 		 289 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 289 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 289 aa  255  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 284 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 322 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  33.93 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.82 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.88 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  26.69 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  29.72 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  30.45 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 319 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 319 aa  125  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1705  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 279 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 281 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  30.82 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 291 aa  118  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>