More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2169 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 297 aa  390  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 297 aa  390  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 291 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 291 aa  279  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 291 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 290 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 319 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 315 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  50.34 
 
 		 293 aa  262  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  48.64 
 
 		 291 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.29 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 315 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  35.74 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  35.4 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.2 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.4 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  33.11 
 
 		 312 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 324 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 283 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  35.89 
 
 		 280 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.21 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>