More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0822 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  629  1e-179  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 298 aa  332  6e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  56.57 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  55.41 
 
 		 298 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 322 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 315 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 315 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 		 296 aa  308  8e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  54.24 
 
 		 298 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  50.99 
 
 		 300 aa  299  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 		 302 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 301 aa  292  6e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  52.74 
 
 		 298 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 313 aa  269  5e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 300 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 328 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  50.35 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 325 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 152 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 152 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.57 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 288 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>