More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4581 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  591  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 309 aa  322  7e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 299 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 306 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 298 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 315 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 315 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  52.23 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  50.52 
 
 		 298 aa  268  8e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  46.74 
 
 		 300 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 		 298 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  49.31 
 
 		 299 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 300 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 299 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 325 aa  221  8e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  46.02 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 293 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 294 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  36.14 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 152 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 152 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 288 aa  158  9e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 315 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.48 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 293 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 293 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 319 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>