More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4697 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  97.99 
 
 		 299 aa  554  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  91.89 
 
 		 300 aa  510  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  89.6 
 
 		 300 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  89.3 
 
 		 299 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  91.89 
 
 		 328 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 315 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 322 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 315 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  60.69 
 
 		 298 aa  351  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  60.34 
 
 		 298 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  60.48 
 
 		 298 aa  338  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 302 aa  325  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  55.97 
 
 		 300 aa  315  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 306 aa  315  5e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  57.48 
 
 		 304 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  56.85 
 
 		 296 aa  301  9e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  55.97 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 301 aa  275  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 293 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  51.71 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 325 aa  216  5e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 152 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 152 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  193  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 324 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  30.95 
 
 		 293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  34.04 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.98 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 283 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.64 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.12 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.6 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>