More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2478 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  630  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 291 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 319 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.41 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 313 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.05 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  35.88 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  30.36 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 290 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 325 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0576  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.268348 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  30.3 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>