More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3145 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  59.04 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 299 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 322 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  53.95 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 300 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 300 aa  295  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 328 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  52.74 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 302 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 298 aa  258  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  47.8 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 325 aa  201  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 152 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 152 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  32.89 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.81 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  30.87 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  30.48 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 317 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>