More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1119 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  73.31 
 
 		 297 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  73.31 
 
 		 297 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 297 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  71.04 
 
 		 300 aa  447  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  70.76 
 
 		 304 aa  438  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 313 aa  431  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 307 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 307 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 296 aa  258  7e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  258  8e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 294 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 		 296 aa  256  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 		 296 aa  256  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  46.64 
 
 		 296 aa  256  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 296 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  40.42 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  31.94 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  28.86 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0808  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>