More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5828 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  97.64 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 296 aa  532  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  84.8 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  84.8 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  84.46 
 
 		 296 aa  523  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  62.84 
 
 		 296 aa  401  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 307 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 		 294 aa  363  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 307 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  58.98 
 
 		 307 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 297 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 296 aa  358  7e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 307 aa  357  9e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 298 aa  356  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  53.38 
 
 		 304 aa  354  7.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 301 aa  352  2.9999999999999997e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 301 aa  352  2.9999999999999997e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 297 aa  352  4e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 307 aa  352  4e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 301 aa  352  5e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 303 aa  350  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  52.7 
 
 		 303 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 301 aa  323  2e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 294 aa  301  6.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 300 aa  279  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  47.22 
 
 		 300 aa  256  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 313 aa  255  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  32.4 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  30.9 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.18 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 303 aa  137  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.94 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.27 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  31.16 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  32.58 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>