More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3202 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 300 aa  378  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 322 aa  342  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 296 aa  308  9e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  52.08 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  52.08 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  51.39 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 296 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 296 aa  300  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 301 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 307 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  47.1 
 
 		 304 aa  294  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 298 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  51.38 
 
 		 307 aa  291  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 307 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 303 aa  285  8e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 303 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 313 aa  280  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 297 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  47.24 
 
 		 300 aa  267  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 304 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 308 aa  148  8e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  33.67 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 289 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 298 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.03 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.61 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  30.61 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 329 aa  132  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 333 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.92 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>