More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3792 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  97.64 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 296 aa  530  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  84.8 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  84.8 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  84.46 
 
 		 296 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 296 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 307 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  58.98 
 
 		 307 aa  358  8e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 297 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 307 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  54.05 
 
 		 304 aa  353  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 297 aa  352  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 296 aa  352  4e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 303 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  53.38 
 
 		 303 aa  348  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 301 aa  348  7e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 301 aa  348  7e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 301 aa  347  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 322 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 300 aa  277  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 313 aa  255  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  47.08 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 304 aa  242  6e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 297 aa  241  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  32.75 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 343 aa  146  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 337 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  31.25 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.83 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.6 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0232  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 346 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 289 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.27 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.2 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.6 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>