More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1222 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  603  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  100 
 
 		 296 aa  603  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  98.65 
 
 		 296 aa  598  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  90.2 
 
 		 296 aa  555  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  84.8 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  84.8 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 296 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 307 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 294 aa  363  3e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  54.73 
 
 		 304 aa  362  4e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 307 aa  361  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 297 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  56.95 
 
 		 307 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 307 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 303 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  53.38 
 
 		 303 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 297 aa  351  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 301 aa  349  3e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 301 aa  349  3e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 307 aa  349  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 298 aa  349  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 301 aa  324  1e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 322 aa  311  9e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  52.08 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2440  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0826701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 301 aa  256  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1763  HTH-type transcriptional regulator  46.05 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.6 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 343 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  29.27 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  31.6 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 337 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 330 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.51 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.43 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  30.9 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  30.17 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  30.56 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  30.9 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.25 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>