More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1459 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  626  1e-178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  54.08 
 
 		 298 aa  295  9e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 298 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 315 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 309 aa  272  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 322 aa  271  9e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 315 aa  271  9e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  53.77 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  51.64 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  48.52 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 296 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  48.52 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  45.75 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 328 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  43.04 
 
 		 304 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 325 aa  209  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 293 aa  197  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 318 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 152 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 152 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 322 aa  143  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.11 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2862  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486548  normal  0.303409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.66 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.97 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  29.43 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>