More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3052 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 292 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  58.72 
 
 		 312 aa  339  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 299 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  58.31 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 290 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  52.45 
 
 		 292 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  50 
 
 		 334 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 328 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 328 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 279 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  32.07 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  37.19 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  34.29 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.66 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  34.05 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 349 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 349 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.93 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 291 aa  135  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.53 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  32.48 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 311 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  hitchhiker  0.00259911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  31.9 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3202  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.276424  normal  0.7211 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 290 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.36 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>