More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0355 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  596  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 292 aa  362  3e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 306 aa  349  3e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 292 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2716  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 292 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0320253 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1055  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 309 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.234404  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  29.15 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.03 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.66 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1595  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0923411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2950  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0895  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.163696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  27.95 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0055  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  29.18 
 
 		 334 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  30.07 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 289 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>