More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4279 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  100 
 
 		 334 aa  656    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  97.76 
 
 		 312 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  86.73 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  58.16 
 
 		 300 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  59.45 
 
 		 290 aa  322  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  46.8 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 292 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 328 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 279 aa  179  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  169  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  162  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 313 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  37.76 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.82 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.82 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 290 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 349 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 349 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.78 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 290 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 307 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  33.82 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  30.71 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.26 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  31.16 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3972  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>