More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5300 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 349 aa  718    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  99.43 
 
 		 349 aa  712    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  98.28 
 
 		 290 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  95.52 
 
 		 290 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.05 
 
 		 295 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  73.02 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  61.94 
 
 		 295 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 298 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 302 aa  229  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  43.1 
 
 		 294 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  33.1 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 294 aa  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 292 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  32.12 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  29.64 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.09 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 287 aa  109  9.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 284 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  30.6 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 316 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 289 aa  106  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 301 aa  104  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.88 
 
 		 315 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 317 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1223  transcriptional regulator LysR family  28.05 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.894371  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 317 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.79 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 283 aa  99.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  26.87 
 
 		 289 aa  99.4  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 296 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 284 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 298 aa  97.8  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  26.95 
 
 		 288 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 329 aa  96.7  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 328 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>