More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1223 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1223  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.894371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3434  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 319 aa  285  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138004 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3906  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1436  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.9 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1471  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1861  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3853  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0876219  normal  0.133098 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0050  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.142799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1436  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 317 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.634744  normal  0.320614 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2131  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0617506  normal  0.31287 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.57 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0808  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  32.17 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3995  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 318 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000135296  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15310  transcriptional regulatory protein, LysR family  35.09 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.313751  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.46 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 307 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  32.3 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  32.65 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  31.62 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  31.53 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  31.62 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  31.62 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0972  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>