More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3906 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3906  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  631  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1436  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3434  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 319 aa  252  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1223  transcriptional regulator LysR family  42.52 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.894371  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 311 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1861  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3853  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0876219  normal  0.133098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2131  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0617506  normal  0.31287 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1436  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 317 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.634744  normal  0.320614 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 327 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 327 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1471  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15310  transcriptional regulatory protein, LysR family  33.88 
 
 		 318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.313751  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 327 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 362 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2307  putative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 328 aa  160  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27250  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 339 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3995  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000135296  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  34.23 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  34.56 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.4 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  34.26 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 335 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>