More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1436 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1436  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.634744  normal  0.320614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1861  LysR family transcriptional regulator  98.42 
 
 		 317 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3853  LysR family transcriptional regulator  97.79 
 
 		 317 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0876219  normal  0.133098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1471  LysR family transcriptional regulator  94.3 
 
 		 318 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3995  LysR family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 318 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000135296  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2131  LysR family transcriptional regulator  75.87 
 
 		 331 aa  471  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0617506  normal  0.31287 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15310  transcriptional regulatory protein, LysR family  76.19 
 
 		 318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.313751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27250  LysR family transcriptional regulator  71.29 
 
 		 339 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2307  putative transcriptional regulator  70.98 
 
 		 318 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 306 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.83 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.75 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.26 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3906  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 312 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0050  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.142799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.1 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1436  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.05 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.88 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.15 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.13 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 324 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.19 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>