More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0480 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  522  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  80.29 
 
 		 298 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.67 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 313 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  35.74 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.93 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0306  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 288 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2226  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.359853  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 334 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 310 aa  95.5  8e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 306 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 306 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  32.09 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  26.79 
 
 		 289 aa  94  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.11 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 328 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 332 aa  92.8  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 290 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 302 aa  92  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.26 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 317 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  30.03 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5287  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 279 aa  89  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308394  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  40.12 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 319 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 298 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 319 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1705  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0403  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>