More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0306 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0306  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0371  transcriptional regulator, LysR family  69.79 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  hitchhiker  0.00259911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0403  transcriptional regulator, LysR family  68.86 
 
 		 289 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129919 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0805  transcriptional regulator LysR family  57.69 
 
 		 301 aa  343  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1124  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 288 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0971  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 288 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0661405  normal  0.865045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2521  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 270 aa  162  9e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0205  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.131478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5812  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 208 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0557291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1705  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  28.62 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1632  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  29.08 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.9 
 
 		 295 aa  92.8  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 301 aa  92  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.14 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 290 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2242  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3911  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  25.25 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3798  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.244352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 322 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 315 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 283 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  25.27 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 315 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0572  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 290 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.96 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2583  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.672068  normal  0.0132829 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  29.33 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>