More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2583 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2583  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.672068  normal  0.0132829 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.28 
 
 		 293 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  32.04 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2754  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  29.82 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2706  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0562  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00274587  normal  0.0132067 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1027  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.781525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  28.82 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 315 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2045  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947838 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.67 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  24.83 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1915  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.35 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  100  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  30.61 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  28.32 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 328 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  30.56 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0980  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0555  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 		 280 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3207  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  26.42 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 324 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>