More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03181 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  100 
 
 		 328 aa  641    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  36.75 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 291 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  37.89 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.27 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 328 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 287 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  31.03 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 284 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.32 
 
 		 291 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.57 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.77 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 349 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 349 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3073  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.857861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 319 aa  122  8e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 288 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.96 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  34.02 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.14 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 329 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>