More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4310 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  69.28 
 
 		 295 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 298 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 349 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 290 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  64.34 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  64.01 
 
 		 295 aa  358  5e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  63.57 
 
 		 300 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 294 aa  266  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 293 aa  242  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  44.71 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  36.16 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  32.75 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  32.85 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.14 
 
 		 315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 338 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.38 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  34.6 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 328 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.8 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 306 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  28.3 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>