More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1565 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  66.08 
 
 		 302 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  355  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  56.7 
 
 		 293 aa  325  6e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  55.67 
 
 		 293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  54.45 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 349 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 349 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.96 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  43.59 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  34.51 
 
 		 312 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  32.85 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  28.98 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  30.04 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 297 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0480  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  29.79 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.83 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 283 aa  99  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>