More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4178 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  591  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  64.85 
 
 		 293 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  65.65 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  63.82 
 
 		 293 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  57.88 
 
 		 302 aa  355  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 304 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  46.42 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 349 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 290 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.41 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  32.29 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 279 aa  146  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  31.82 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  29.29 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  28.62 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 313 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  31.06 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.78 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 322 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  32.5 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 292 aa  95.9  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 315 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 315 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>