More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2707 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 295 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  87.05 
 
 		 300 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  74.05 
 
 		 290 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  73.36 
 
 		 290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  74.05 
 
 		 349 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  74.05 
 
 		 349 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 304 aa  358  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35250  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 298 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.587508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2973  putative transcriptional regulator  61.32 
 
 		 295 aa  350  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4178  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 293 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3503  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.061821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  43.55 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 302 aa  216  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  35.23 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  33.82 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 294 aa  115  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  30.96 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 316 aa  108  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  28.21 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 306 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1259  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.21 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.33 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  29.08 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1552  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0365883  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 334 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 329 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  24.64 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 319 aa  96.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4728  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 283 aa  96.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.111018  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  28.87 
 
 		 297 aa  96.3  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0492  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 283 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0963862 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.9 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 307 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 332 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  92.4  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 315 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 315 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 315 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.76 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  32.87 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0448  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 283 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.631201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>