More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5905 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  82.57 
 
 		 312 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 312 aa  295  6e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 312 aa  295  8e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 306 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 330 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 303 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 330 aa  292  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  47.44 
 
 		 310 aa  291  7e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 304 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 315 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.15 
 
 		 300 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 305 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 320 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 328 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 320 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 291 aa  150  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.43 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  33.55 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.63 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.03 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.83 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.48 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>