More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1392 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  622  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  83.67 
 
 		 312 aa  523  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  83.67 
 
 		 312 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  81.54 
 
 		 328 aa  511  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  67.56 
 
 		 302 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  67.56 
 
 		 300 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  67.56 
 
 		 300 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 303 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  67.56 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  67.56 
 
 		 300 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 306 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  66.56 
 
 		 310 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  68.15 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  68.15 
 
 		 330 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  64.88 
 
 		 304 aa  411  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  64.69 
 
 		 320 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  64.69 
 
 		 320 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 308 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 320 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 316 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 312 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 317 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 306 aa  275  6e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 306 aa  275  6e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 304 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.95 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.3 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.99 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 317 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 336 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  26.53 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.49 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6486  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  31.31 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  27.68 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1614  transcriptional regulator, LysR family protein  30.77 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>