More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1915 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  597  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2373  LysR family transcriptional regulator  75.79 
 
 		 297 aa  441  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.974047 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1156  LysR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203658  normal  0.697323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4688  LysR family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 288 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.05 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.51 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.86 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.5 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 399 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.25 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.93 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 317 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 295 aa  191  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.91 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.74 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.31 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2204  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0659043  normal  0.113765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>