More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2373 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2373  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.974047 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  75.79 
 
 		 298 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1156  LysR family transcriptional regulator  74.48 
 
 		 312 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203658  normal  0.697323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4688  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 288 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.93 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 335 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.54 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.9 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.07 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.11 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 399 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.6 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.58 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 301 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.91 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.94 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.8 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  38.08 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>