More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0845 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 310 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  77.41 
 
 		 315 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  76.41 
 
 		 302 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  76.85 
 
 		 306 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 303 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 300 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 330 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 330 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  72.43 
 
 		 304 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 308 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 320 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 320 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 320 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 320 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 320 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 320 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  67.63 
 
 		 328 aa  423  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 305 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  67.57 
 
 		 312 aa  412  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 312 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 301 aa  301  9e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 317 aa  291  7e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 316 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.75 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.24 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.18 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 399 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 291 aa  135  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>