More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4540 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  63.04 
 
 		 312 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 317 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 304 aa  315  4e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 306 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 300 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 300 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 300 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 303 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 300 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 330 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 330 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 302 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 320 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 320 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 320 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 320 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 320 aa  295  9e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 320 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 		 312 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 312 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  46.42 
 
 		 310 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 305 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.15 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 329 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.85 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 335 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.2 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  31.86 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4209  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 330 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 318 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  34.55 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.88 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  34.42 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  34.42 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.1 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>