More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1757 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 301 aa  394  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 300 aa  315  8e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 315 aa  306  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 330 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 330 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  51.35 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 320 aa  294  9e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 320 aa  294  9e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 320 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 320 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 320 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 312 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 312 aa  288  6e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 305 aa  285  4e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  48.66 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 312 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 316 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.72 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.86 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 350 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.29 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.97 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>