More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0188 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 354 aa  708    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 316 aa  271  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41 
 
 		 300 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 315 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 320 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 320 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 320 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 320 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 328 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 399 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  34.47 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  28.47 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5619  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.272511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  32.99 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.38 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 295 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 336 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 318 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 335 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  29.28 
 
 		 299 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 302 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3912  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 299 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>