More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3216 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  624  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  71.48 
 
 		 300 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 329 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 330 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 330 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  38.93 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 328 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3643  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.24 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 330 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4290  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.376477 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3189  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4971  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 343 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 337 aa  143  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 337 aa  143  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.8 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 330 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 330 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.46 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 321 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  30.21 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 325 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  28.52 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  29.31 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  27.52 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>