More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0063 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 300 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 300 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 300 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 306 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 330 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 330 aa  325  6e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  55.37 
 
 		 302 aa  318  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 315 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  54.82 
 
 		 308 aa  315  6e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 320 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  51.66 
 
 		 310 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 312 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  52.04 
 
 		 312 aa  299  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 328 aa  298  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 305 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  48.11 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 317 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 316 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.91 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.9 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.21 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  28.76 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1718  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal  0.0833861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 325 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.54 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>