More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3164 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  673    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.96 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 316 aa  218  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 312 aa  192  7e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 312 aa  192  8e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 328 aa  192  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  35.93 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 320 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 343 aa  125  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0931  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 325 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0988  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.882538  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.8 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0991  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00933399  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.08 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>