More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4850 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.08 
 
 		 300 aa  276  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 354 aa  271  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 312 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 329 aa  218  8.999999999999998e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  29.19 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.83 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  27.21 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.8 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 324 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 324 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 320 aa  139  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  24.92 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3808  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3896  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.738753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0643  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  27.46 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0399655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 335 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 336 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 325 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 329 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 325 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 324 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3643  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>