More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3887 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  646    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 312 aa  293  4e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 312 aa  292  5e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  48.32 
 
 		 310 aa  276  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 300 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 300 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 300 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 303 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 330 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 330 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 304 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 329 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 291 aa  155  6e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 354 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.97 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  146  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.67 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.03 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27400  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0348  hypothetical protein  27.4 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0326  hypothetical protein  27.68 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.63 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  28.52 
 
 		 309 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  126  6e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 399 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1614  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>