More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2935 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2797  LysR family transcriptional regulator  99.06 
 
 		 320 aa  643    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0984136  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2935  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6222  LysR family transcriptional regulator  95.94 
 
 		 320 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.98213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0423  LysR family transcriptional regulator  95.11 
 
 		 308 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.927439 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2881  LysR family transcriptional regulator  94.06 
 
 		 320 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2266  LysR family transcriptional regulator  94.06 
 
 		 320 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.363264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2891  LysR family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 320 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.578642  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 300 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 303 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 300 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  85.67 
 
 		 300 aa  536  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 300 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  86.69 
 
 		 306 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  86.64 
 
 		 330 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  86.64 
 
 		 330 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 315 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  80.46 
 
 		 302 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  78.15 
 
 		 304 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  75.68 
 
 		 310 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3740  LysR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 312 aa  432  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3021  transcriptional regulator, LysR family  69.26 
 
 		 312 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.914893  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4315  LysR family transcriptional regulator  68.77 
 
 		 328 aa  429  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1392  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 305 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0063  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 301 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 306 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 306 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1757  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  298  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.73636  normal  0.019808 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 312 aa  291  9e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 317 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3887  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 316 aa  261  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0600139  normal  0.283003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3058  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.02 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176751  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3216  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3164  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 329 aa  195  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674543  hitchhiker  0.0000237032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4850  putative LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705881  normal  0.183182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.33 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  28.72 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.79 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 312 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 294 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 317 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1969  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  28.21 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>