More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3572 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  97.12 
 
 		 312 aa  593  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  90.03 
 
 		 313 aa  512  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  88.6 
 
 		 313 aa  510  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  89.93 
 
 		 313 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  89.93 
 
 		 313 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  86.71 
 
 		 317 aa  501  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 305 aa  431  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  74.67 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  62.91 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1721  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 312 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0604  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 312 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1928  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 312 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2309  transcriptional regulator  41.22 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1657  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0706  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2226  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539476  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0736  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2140  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393768  normal  0.0508392 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.49 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  186  6e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  35.99 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.48 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 316 aa  176  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.38 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 555 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  33.8 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  38.72 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>