More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0149 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  626  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 299 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 299 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  33.22 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4915  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 312 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 335 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.1 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.69 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.79 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2521  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26667  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 351 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 351 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.9 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 294 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.39 
 
 		 289 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  29.66 
 
 		 309 aa  158  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 320 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  30.42 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>