More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0128 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  627  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 301 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 299 aa  338  7e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 299 aa  315  7e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0684  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.83 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  30.67 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0934  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.886955  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.34 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.27 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.51 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 289 aa  158  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 303 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.56 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>