More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0028 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  607  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 299 aa  352  5e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 301 aa  344  8e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 302 aa  315  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 309 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.42 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 335 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 351 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.15 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 349 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 349 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 349 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 349 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.29 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3086  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 362 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 331 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>